プロジェクトファイルと同階層に[WorkUnits]というフォルダが作られ、その中にワークユニット名のフォルダが作成されます。
ワークユニットファイルは、その中に作成されます。

ワークユニットフォルダ名の中身について

ワークユニット名のフォルダの中には以下のファイルが作成されます。

.atmcunitファイル（ワークユニットファイル）
.materiainfoファイル（マテリアル情報ファイル）
Materialsフォルダ（マテリアルルートフォルダ）

※ワークユニットファイルやマテリアル情報ファイルの名前は、フォルダ名と同じである必要があります。

マテリアルの個別管理について

デフォルトでは、ワークユニットを新規作成する際に「個別に波形管理を行う」のチェックが有効になっていますが、
プロジェクトでマテリアルを一元管理する方法も選択できます。これにより、異なるワークユニット間で同じマテリアルフォルダを参照することが可能になります。

他のプロジェクトへデータ（ワークユニット）を移す

ワークユニットフォルダごと他のプロジェクトの[WorkUnits]フォルダ以下へ移動することで、他のプロジェクトへワークユニットのデータを移すことができます。

認識していないワークユニットを認識させる

通常は、プロジェクトを開いた時にワークユニット一覧を検索して認識しますが、
ツール動作中にFinder(Windowsではエクスプローラー)上からワークユニットを[WorkUnits]フォルダへ追加した場合は未登録の状態で認識します。
未登録状態のワークユニットはワークユニット名だけを読み取り、管理しているキューやマテリアルは読み込みません。
ワークユニットを右クリックして現れるコンテキストメニューから「未登録ワークユニットの登録」を選択することで、認識させることができます。