拡張子が(.atmcuser)のファイルが生成されます。これらのファイルはツリーの開閉情報を記録しています。
バージョン管理の必要はありませんし、不要であれば削除しても再生成されるので問題ありません。
ファイル名には関連するファイル名とマシン名とユーザー名が含まれています。各マシンごとに情報が記録されます。