マテリアルフォルダーを右クリックして「未使用マテリアルを検索」を選択することで、そのフォルダー以下にあるマテリアルのうち、使用していないものを列挙することができます。

検索結果はダイアログで表示されます。

未使用マテリアルの削除

未使用マテリアルが検出された場合に、削除するかどうかのダイアログが表示されます。

OKを押すとマテリアルを削除し、元の波形があればゴミ箱へ移動します。
未使用マテリアルを削除(ファイルを別フォルダーへ移動)...を押すと、出力フォルダーの指定ダイアログを表示します。
指定したフォルダーに「プロジェクト名_Trash日付時刻」というフォルダーに、フォルダー構成のまま出力します。