フォルダー内のワークユニットが編集状態の場合は、あらかじめワークユニットを「編集対象から除外」状態にしてください。
ワークユニットフォルダーを右クリックし「削除」を選択します。削除すると、ローカルファイル上のフォルダーに含まれる、ワークユニットや関連ファイルも削除します。