例えば、参照するワークユニットを全てプロジェクトに含まれた状態にし、変更することができます。
この時は名前の変更が追従しますが、 ワークユニットが【プロジェクトに含まれていない場合】には、 次回ロード時などに名前解決を行います。
そのため、複数のワークユニットにまたがって名前の変更の影響がある場合、 ワークユニットを「プロジェクトに含める」の状態で名前変更を行うと良いです。
※なるべく初期の段階で、名前を決めておくと良いです。