同名のキューシートがある場合、最後にビルドしたキューシートで上書きされてしまいます。
ワークユニット間でも同名のキューシートがある場合に上書きされてしまいます。

上書きを防ぐ

キューシートの上書きを防ぐには以下の方法が挙げられます。

キューシート名を異なるものにする

キューシート名は同名を許していますが、ビルド時に上書きされてしまうのを避けるには、
キューシート名(acb名)を異なるものにする事で対応します。

キューシートフォルダーでキューシートの階層を分ける

ツリー上で、キューシートフォルダーを作成し名前をユニークにします。（例：ワークユニット名、バージョン名など）
その下にキューシートを移動する事で、
ビルド時にキューシートがフォルダー内に出力され、上書きされなくなります。