Ver.3.43.06 以下のツールについて、コマンドラインからの起動でログやエラーなどの出力に不具合があります。 回避策として、 -noclose のオプションを使用することでWindowにログを表示することができます。
-noclose
Ver.3.43.06 以下のツールの場合、Windowsでは引数がプロジェクトパスのみの場合はGUIツールが起動します。 複数の引数を指定することでGUIを表示せずに動作させることができます。